中國科學院深海科學與工程研究所“深海生物蛋白質組學及分子生物學研究組”成立于2013年，主要研究方向為深海生物的適應機制，主要研究領域包括：
研究領域：
1）? 共生微生物及其與宿主的共生機制
? 腸道共生微生物不僅對食物的消化吸收起著重要的作用，而且對宿主的病毒防御、免疫調控等也起著舉足輕重的作用，本課題組利用深海海試或深淵航次獲取的樣品，對南海1000米大王具足蟲、馬里亞納海溝6000米深淵海參，以及馬里亞納海溝獅子魚、萬米鉤蝦進行腸道共生微生物的研究。研究結果發現，柔壁菌門薄膜菌鋼的微生物如支原體、螺原體、脲原菌與深海生物形成共生，并成為優勢共生菌。這些共生微生物為宿主提供機體所必需的營養物質如維生素，幫助宿主進行能量獲取如纖維素的降解，為宿主提供免疫機制如應用CRIPR機制抵制病毒的入侵等。而這些微生物在大多數情況下是陸生生物或人類的病原菌。文章一經發表，立即得到美國微生物協會兩位主席Moselio Schaechter教授和哈佛大學Roberto Kolter教授迅速做出評價，認為該文提供了深海生物與柔壁門共生菌共同應對深海極端環境的確實證據（該菌習慣上被認為只是人畜病原菌）。
2）? 深海生物特有的調控通路及代謝通
?深海生物為適應深海的高壓、無光、低溫及寡營養的極端環境，不僅在外表形態如嘴巴變大，牙齒異常鋒利外，在分子水平也有著不同于生存于淺海環境生物的代謝及調控特征。本課題組發現萬米深淵除Hirondellea gigas外，另一個優勢物種Halice sp. MT2017，其分化時間分別在約58Mya和109Mya，而馬里亞納海溝形成時間是約30Mya，提示深淵物種從淺海物種演化而來。應用這兩種萬米鉤蝦，與淺海鉤蝦比較，研究發現萬米鉤蝦的骨架蛋白擴張及高度磷酸化，包括微絲蛋白、微管蛋白、中間絲蛋白及調控骨架聚合與解離的骨架結合蛋白。細胞骨架在高壓情況下會塌陷，從而影響細胞的形態、信息傳導、細胞分裂等細胞生命活動。骨架蛋白通對磷酸化對骨架的聚合解聚等活動進行調節；可變剪切在真核生物體內廣泛存在，其中有95%的基因都存在可變剪切現象?？勺兗羟袑е铝宿D錄本和蛋白質結構與功能的多態性，是一種重要的轉錄調控機制。不同的剪切方式使得同一個基因可以產生多個不同的成熟mRNA, 最終產生不同的蛋白質。萬米鉤蝦轉錄后剪切相關基因與淺海鉤蝦相比得到正選擇；同時發現深淵鉤蝦線粒體蛋白的非極性氨基酸的比例明顯高于源于淺海的鉤蝦。本研究分別從DNA水平、轉錄水平及蛋白后修飾水平提示深淵鉤環境適應的分子機制。
3）? 源于深海酶類的研究
?深海的環境特殊，必然存在著具有特別活性或活性特異的酶類。本課題組從南中國海1000米捕獲的大王具足蟲的共生菌里克隆并表達了唾液酸裂解酶。唾液酸裂解酶具有逆向合成唾液酸的功能。唾液酸是神經節苷脂的傳遞遞質，是大腦的組成部分，是嬰幼兒奶粉的主要添加劑之一。目前的唾液酸主要靠工業發酵純化獲得。本項目研究發現源于深海的唾液酸裂解酶的活性是目前報導的所有唾液酸裂解酶的4-10倍。并且具有較強的pH 值適應范圍。為工業用酶提供了新選擇。除此之外，本課題組從熱蝦中克隆并表達了多種抗菌肽，對多種耐藥菌株具有顯著的抑菌效果。
4）? 深海生物捕獲裝置的研發
? 目前我國的深海特別是深淵生物的研究與陸生生物的研究相比， 相差較遠， 原因之一便是生物的獲取困難，為此，為攬瓷器活，先做金剛鉆。本課題組聯合本所工程人員，研制了宏生物防逃逸誘捕器，保溫宏生物誘捕器以及配合載人深潛器機械手使用的負壓吸引器。這些裝置均已在多個航次中成功使用。
研究隊伍：
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?賀麗生，研究組組長，研究員，博士生導師。獲香港科技大學博士學位，先后主持或參與中科院“知識創新工程領域前沿”，國家重大專項先導專項B，自然科學基金，省重點研發計劃，國家重點研發計劃等科研項目。曾獲國家自然科學獎二等獎（第四完成人）、海南省領軍人才、首批海南省南海名家稱號。
? 博士后，特別研究助理招聘中
? 辦公電話：0898-88380060
? 傳 真：0898-88380060
? 電子郵箱：he-lisheng@idsse.ac.cn
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? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?郭璐璐，研究助理，實驗師?? ? ? ? ?李琪，2019級在讀博士生，已畢業
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? ? ? ? ? ? ? ? ?史孟可，2020級在讀博士生，已畢業? ? ? ?廖燕雯，2018級在讀碩士生，已畢業
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? ? ? ? ? ? ? ? ? ?閆國永，2014級博士生，已畢業 ? ? ? ??李俊元，2015級博士生，已畢業
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? ? ? ? ? ? ? ? ? ?連春盎，2016級博士生，已畢業? ? ? ? ??朱方超，2016級博士生，已畢業
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? ? ? ? ? ? ? ? ? ?王少露，2014級碩士生，已畢業? ? ? ? ???程項雨，2016級碩士生，已畢業
團隊生活：
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? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?端足類物種鑒定培訓班活動
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? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 團隊野外拓展活動
代表論文：
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Chen J, Zeng H.H., Lv W.Q., Sun N., Wang C., Xu W.J., Hu M.L., Gan X.N.,?He L.S.*, He S.P.*, Fang C.C.*.?Pseudo-chromosome–length genome assembly for a deep-sea eel Ilyophis brunneus sheds light on the deep-sea adaptation.?Science China Life Sciences.?2023.?66:?1379–1391.
Qi L, Lian C-A, Zhu F-C, Shi M?and He L-S*?(2022) Comparative?analysis of intestinal microflora?between two developmental stages?of?Rimicaris kairei, a hydrothermal?shrimp from the Central Indian?Ridge. Front. Microbiol. 12:802888.?doi: 10.3389/fmicb.2021.802888.?
Shi M, Qi L and He L-S*.?(2022)?Comparative analysis of the?mitochondrial genome of?Galatheanthemum?sp. MT-2020?(Actiniaria Galatheanthemidae) from a?depth of 9,462 m at the?Mariana Trench.?Front. Genet. 13:854009.?doi: 10.3389/fgene.2022.854009.
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